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国家发改委“十一五”期间批准立项的“蛋白质科学研究(北京)国家重大科技基础设施”,由军事科学院军事医学研究院、清华大学、北京大学和中国科学院生物物理研究所共同建设。是我国生命科学领域的国家科技基础设施,也是国际人类肝脏蛋白质组计划执行总部、蛋白质组学国家重点实验室和首都科技条件平台。
 
主要任务是:通过规模化蛋白质功能成像,从系统生物学角度全息性分析和揭示蛋白质的功能;通过晶体结构解析、溶解结构解析和超分子结构解析,揭示蛋白质及其复合物的功能;探索蛋白质结构与功能对个体生命过程的作用,在分子、细胞和生物体等多个层次上阐释生命活动规律和现象本质,并揭示疾病发生发展的分子机理。建成高通量、高精度、规模化的大型蛋白质研究基础设施,实现技术与设备的集成化、通量化和信息化,成为我国蛋白质科学和技术的重要创新基地,蛋白质研究领域高端人才的培养平台,以及国家大规模蛋白质实物库、数据库和信息中心。